レース中の事故から奇跡的に生還した島村ジョーは、サイボーグ手術を施され、不死身のサイボーグ009となっていた。加速装置を持つ彼は、同じくサイボーグとなった仲間たちと共に、世界の平和を脅かす敵を相手に今日も戦い続ける。
ギルモア博士が指揮をとるサイボーグたちの内訳は、天才赤ん坊で超能力者の001イワン、飛行能力を持つ002ジェット、高性能レーダ